Các mod của Minecraft được ghi nhận là cánh cổng cho trẻ em học lập trình.[73] Một số dự án giáo dục đã được tạo ra để khuyến khích sinh viên học mã thông qua Minecraft, bao gồm LearnToMod,[74] ComputerCraftEdu,[75] và Minecraft: Pi Edition,[76] tất cả đều được cung cấp miễn phí cho giáo viên. Các lớp học lập trình sử dụng Minecraft cũng được bắt đầu bởi Đại học California, nhằm mục đích dạy trẻ em từ 8-18 tuổi cách lập trình ứng dụng.[74][77][78]

Vào năm 2011, MinecraftEdu thành lập để bán một phiên bản Minecraft cho các trường học cho phép giảng dạy nhiều môn học khác nhau bao gồm ngôn ngữ, lịch sử và nghệ thuật.[79] Vào tháng 1 năm 2016, Microsoft đã công bố một công cụ mới, "Minecraft: Education Edition", được thiết kế đặc biệt để sử dụng trong lớp học và sẽ tiếp tục dựa trên di sản của "MinecraftEdu" để dạy nhiều môn học khác nhau bằng Minecraft.[78]

Trong The Parent's Guidebook to Minecraft, tác giả Cori Dusmann biểu thị rằng giáo dục tại nhà và Minecraft tạo nên một trận đấu thú vị, vì việc tạo ra các bản mod đơn giản có thể là "minh họa cho các nguyên tắc khoa học", mà các nhà cung cấp dịch vụ giáo dục tại nhà dễ tiếp thu.[80]

Ý tưởng đưa Minecraft vào chương trình giảng dạy ở trường đã bị Tom Bennett, người đóng vai trò cố vấn cho chính phủ Anh, phản đối. Theo Bennett, Minecraft là một mánh lới quảng cáo, và các trường học sẽ làm tốt để "rút sạch đầm lầy của mánh lới quảng cáo" và chỉ sử dụng sách để giảng dạy.[81] Sự lên án của Bennett đã bị phản bác bởi một số nhà báo cho The Guardian, những người cho rằng Minecraft trong trường học là một sự đổi mới đáng giá.[82]